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Die Urbarmachung des Talbodens schreitet im Mittelalter voran und ist Ende des 13. Jahrhunderts bis ans Reussufer vollendet. Altdorf besteht in dieser Zeit neben der Hauptsiedlung aus den Weilern Utzingen, Hartolfingen, Magigen und Untereien. Die Eggberge sind bereits im 14. Jahrhundert besiedelt. In den Gebieten nördlich und südlich des Dorfes werden die guten Böden intensiv genutzt. Bis ins 17. Jahrhundert erlebt Altdorf eine starke Zuwanderung.