Am 6. Oktober 1906 eröffnet das Kollegium Karl Borromäus sein erstes Schuljahr. 14 Lehrer (7 Patres, ein Priester und 4 weltliche Lehrer) unterrichten 131 Schüler, davon 70 aus Uri. Der Betrieb der Schule wird von einer Aktiengesellschaft, der Kollegiumsgesellschaft, geführt. Die Leitung der Schule liegt in den Händen der Benediktiner von Mariastein. Erst 1971 wird das Kollegium kantonalisiert. 1981 ziehen sich die Benediktiner vom Schuldienst zurück.