In Altdorf stellt die ZAKU (Zentrale Organisation für Abfallbewirtschaftung im Kanton Uri) die Abfallbewirtschaftung sicher. Die ZAKU ist eine öffentlich-rechtliche Aktiengesellschaft im Besitz der Urner Gemeinden.
Der Hauskehricht wird in Altdorf jeden Donnerstag (bei Feiertag am darauffolgenden Arbeitstag) abgeholt. Lose Säcke bitte erst am Vorabend des Sammeltages bereitstellen.
An verschiedenen Sammelstellen können Glas, Alu, Blechdosen, Altöl, Speiseöl, Batterien und Textilien entsorgt werden. Eine Übersicht gibt der Abfallentsorgungsplan. Für Grüngut, Papier und Karton werden regelmässig Strassensammlungen durchgeführt.